变式用管道变换器注解

重要点

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Databricks基因组运行时间已被折旧bob下载地址开源等值见Resgenomics-pipelines并光线.生物信息库部分运行时间发布ProjectGlowdockerhub页码

详情见Databricks运行时间折旧策略和调度支持databricks运行时发布支持调度.

使用Glow管道变换器对变量数据使用注解法

VEP注解通过下载注解数据源执行缓存面向集群中每个节点调用VEP命令行脚本管道变换器使用类似于下方单元格脚本

            导入发光导入公元前输入/vcf="/databricks-datasets/hail/data-001/1kg_sample.vcf.bgz"输入df=点火.读取.格式化高山市Vecf).负载高山市输入/vcf)md=公元前.垃圾场〔"/opt/vep/src/ensembl-vep/vep",鸟巢,"/mnt/dbnucleus/dbgenomics/grch37_merged_vep_96",快速达,"/mnt/dbnucleus/dbgenomics/grch37_merged_vep_96/data/human_g1k_v37.fa",集合性,GRCH37,格式化,Vecf,输出文件,STDOUT,-no_stats,结巴,脱机,复用词,合并)输出df=发光.变换高山市风笛,输入df,md=md,输入_formatter=Vecf,in_vcf_header=输入/vcf,output_formatter=Vecf)输出df.写入.格式化高山市德尔塔).保存高山市"dbfs:/mnt/vep-pipe")
           