砖6.6运行时的基因组学(不支持)

砖在2020年5月发布了这张照片。

砖6.6运行时的基因组学是一个版本的砖运行时的6.6(不支持)针对处理基因组和生物医学数据进行了优化。它是一个组件的砖统一为基因组学分析平台。bob体育亚洲版bob体育客户端下载

更多信息,包括指令创建砖基因集群,运行时看到的基因组学导游。关于开发基因组学应用程序的更多信息,请参阅基因组学导游。

新功能

砖6.6运行时的基因组学是建立在砖6.6运行时。有什么新信息的砖6.6运行时,看到的砖运行时的6.6(不支持)发行说明。

的版本发光包括在砖6.6运行时的基因组学可以阅读GFF3文件。DataFrame模式推断从目前的属性。我们增加了这功能在开源bob下载地址的。

我们现在支持自定义参考基因组DNASeq,肿瘤/正常,联合基因分型管道。

的DNASeq,RNASeq,肿瘤/正常管道现在有一个选项来设置一个样品超时。

的DNASeq,RNASeq,肿瘤/正常管道出口BAM现在有一个选择。一致读可以导出为一个BAM或分片BAMs。

体现的DNASeq,RNASeq,肿瘤/正常,联合基因分型管道现在可以通过一个blob以及提供路径。如果通过一个blob提供清单,所有路径必须是绝对的。

的发光变体标准化者现在接受压缩参考序列,如block-gzipped FASTA文件。我们增加了这改进在开源bob下载地址的。

的发光管变压器现在忽略空分区,这样用户不再需要输入DataFrame合并。我们增加了这改进在开源bob下载地址的。

BAMs vcf输出DNASeq,RNASeq,肿瘤/正常,联合基因分型管道现在文档相关的库版本在他们的头。

重复阅读定位阶段的标志DNASeq管道现在速度更快,需要更少的内存。

的genotypeGivenAlleles和emitAllAlleles已经删除的选项联合基因分型管道。

以下库包含在砖6.6运行时的基因不同于那些包含在砖6.6运行时。