砖7.0运行时的基因组学(不支持)
砖这张照片在2020年6月发布。
砖7.0运行时的基因组学是一个版本的砖运行时的7.0(不支持)针对处理基因组和生物医学数据进行了优化。它是一个组件的砖统一为基因组学分析平台。bob体育亚洲版bob体育客户端下载
更多信息,包括指令创建砖基因集群,运行时看到的基因组学导游。关于开发基因组学应用程序的更多信息,请参阅基因组学导游。
新功能
砖7.0运行时的基因组学是建立在砖7.0运行时。有什么新信息的砖7.0运行时,看到的砖运行时的7.0(不支持)发行说明。
GloWGR:全基因组回归
现在包括一个可伸缩的全基因组回归方法,GloWGR。GloWGR是单节点的分布式版本的工具regenie。GloWGR是一个企业级工具提供等效精度为全基因组其他方法回归,但在一个数量级的提高速度。有关详细信息,请参见全基因组的回归在开源bob下载地址的。
变形金刚接受non-string类型参数
所有发光的变压器,包括管变压器和变体标准化者,现在接受参数的值并不是字符串。的发光管变压器的文档反映了新的用法。向后兼容性,字符串值仍接受所有参数。
Numpy ndarray文字
你现在可以通过文字numpy 1 d和2 d浮子式ndarrays预期DataFrame列类型的函数数组<双>和DenseMatrix分别。的光芒全基因组关联研究文档展示了新的用法。
意思是替换函数
现在提供发光mean_substitute函数代替缺失值在数组的均值non-missing值。
改进
联合基因分型的性能
的性能联合基因分型管道提高了5 - 20%。改善尤为明显当使用集群每个节点与许多核心节点类型。
VCF读者忽略tabix索引文件
在以前的版本中,VCF读者阅读VCF的目录文件时可能会失败,如果目录包含tabix索引文件。读者将试图解释tabix文件VCF文件和报告一个错误。现在,读者只使用索引文件,以确定哪些数据文件读取。
删除splitToBiallelic选择从VCF读者
这个选项已经被移除的split_multiallelics变压器。变压器比VCF读者更快和更准确的选择。