砖的运行时7.3 LTS基因组学(不支持)

砖2020年9月发布了这张照片。它实际上是长期支持(LTS) 2020年10月。

砖的运行时7.3 LTS基因组学是一个版本的砖运行时7.3 LTS针对处理基因组和生物医学数据进行了优化。它是一个组件的砖统一为基因组学分析平台。bob体育亚洲版bob体育客户端下载

重要的

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砖基因组学的运行时已被弃用。开源的等bob下载地址价物,看到回购genomics-pipelines和发光。生物信息学库是运行时的一部分被释放集装箱码头工人,可从ProjectGlow Dockerhub页面。

关于砖运行时弃用策略的更多信息和时间表,看看砖运行时版本和支持计划的支持。

更多信息,包括指令创建砖基因集群,运行时看到的基因组学导游。关于开发基因组学应用程序的更多信息,请参阅基因组学导游。

寻求帮助从砖迁移运行时6。x砖LTS 7.3运行时,看到的砖运行时7。x迁移指南。

新功能

砖的运行时7.3 LTS基因组学是建立在运行时7.3 LTS砖。在砖有什么新信息运行时7.3 LTS,看到砖运行时7.3 LTS发行说明。

现在支持发光阅读BGEN文件包含SNP概率数据块压缩或使用zstandard的压缩ZSTD_compress ()功能,除了现有的支持使用zlib压缩读取数据压缩()函数。

执行变体liftOver与发光现在快12倍。

写大文件(如VCF BGEN和BAM)Azure Blob文件系统现在快2倍。

现在所有的基因组学管道默认压缩输出使用bgzip vcf。默认输出vcf以前未压缩的。配置这个,改变vcfCompressionCodec管道的选择从bgzf。

的肿瘤/正常管道已经从TNSeq MutSeq。重命名

下面列表中包含的库砖运行时的基因不同于那些包含在7.3 LTS砖7.3运行时。